Onze communes haut-savoyardes adhérentes à l'EPF font également partie du PNR des Bauges. Dans ce cadre, l'EPF travaille régulièrement avec les services du parc afin d'aider les communes à maîtriser leur urbanisation.
L'EPF a également soutenu le Parc dans la réalisation du dossier LEADER, programme européen destiné aux zones rurales, qui permet en France de soutenir des territoires porteurs d'une stratégie de développement organisée autour d'un thème fédérateur : "Ressourcement et tourisme de proximité dans le cadre d'une dynamique urbain-rural" et qui vient d'être retenu. L'EPF est enfin membre de la commission "Aménagement" du Parc et est associé au travail de l'Ecole Nationale Supérieure D'architecture de Nancy qui collabore chaque année à certains projets d'urbanisme dans le PNR.